超进化，顾名思义是神奇宝贝突破自身极限的一种进化形式，首次出现在《宠物小精灵：X/Y》动画中的卡洛斯地区，因为超进化需要神奇宝贝与训练家分别佩戴“进化石”与“钥石”，当两者达成羁绊值的要求后，训练家便可以激活“钥石”与“进化石”产生共鸣来完成神奇宝贝的超进化，所以在神奇宝贝世界中能超进化的神奇宝贝屈指可数。
普通神奇宝贝&“准”传说神奇宝贝超进化
普通神奇宝贝与准传说神奇宝贝想要实现超进化，必须与自己的训练家达成羁绊值的要求，两者若能心意相通才可以完成超进化，如果其中一点没有达到，超进化便无法完成，或者在成功超进化后神奇宝贝因自身能量瞬间提升而无法控制时，神奇宝贝很容易进入狂暴状态，甚至会濒死。
传说神奇宝贝超进化
因为传说神奇宝贝的身体构造较为特殊，所以在超进化的条件上也与普通和准神不同，它们可以不依靠进化石的力量完成超进化。
裂空座是超远古时期的神奇宝贝，其体内有一种叫做“天皇器官”的脏器，可以在臭氧层中吸收从太空中坠落的陨石的能量，经过长年的积累便可以形成令裂空座超进化的能源，而裂空座超进化多数出现在平息盖欧卡与固拉多的争斗中。
超梦的超进化是自身能力的一种觉醒状态，在剧场版《神速的盖诺赛克特 超梦觉醒》中，超梦可以自由切换觉醒和普通两种形态，虽然官方并没有说明超梦觉醒的原因，但它自从觉醒之后人气便一直直线攀升。
而目前已知满足超进化条件的神奇宝贝共46只，其中普通神奇宝贝37只，“准”传说神奇宝贝4只，传说神奇宝贝4只，幻之神奇宝贝1只。
当然，能够Mega进化的神奇宝贝种类依然在增加，也许再过不久就会看到更多神奇宝贝的“超进化”形态。
一共有四十六只神奇宝贝可以超级进化，分别是妙蛙花、喷火龙、水箭龟、大针蜂、比雕、呆河马、大钢蛇、胡地、蜥蜴王、巨沼怪、耿鬼、袋龙、勾魂眼、巨牙鲨、大甲、暴鲤龙、喷火驼、七夕青鸟、化石翼龙、超梦、冰鬼护、暴飞龙、电龙、巨金怪、巨钳螳螂、裂空坐、长耳兔、黑鲁加、艾路雷朵、班吉拉、差不多娃娃、蒂安希、火焰鸡、沙奈朵、大嘴娃、波士可多拉、恰雷姆、雷电兽、诅咒娃娃、阿勃梭鲁、拉帝亚斯、拉帝欧斯、烈咬陆鲨、路卡利欧和暴雪王。
超级进化从卡洛斯地区开始的一种神秘现象，它能够让神奇宝贝突破自己的极限再度进行进化，而其中超梦和喷火龙还能够进行两种超级进化，分为XY两种属性，这种能力让训练家可以通过不同的培育方式进行不同的选择，神兽可以通过自己的力量就可以超级进化，而大部分神奇宝贝需要和训练家心意合一再加上进化石、钥石道具的配合才能够顺利进行超级进化。
超级进化与普通进化还有一个鲜明的区别，就是超级进化只能保持一段时间，因为超级进化是通过激发自己的潜力进行的，基本上在战斗结束后就会恢复原状，是短暂的进化形式，目前来说每一个属性都有能够超级进化的神奇宝贝，通过超级进化，大大增加了神奇宝贝战斗的刺激性和不确定性。
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