按照传染病医院标准和要求建设。
在（小汤山医院的图纸设计师）黄锡璆看来，小汤山这样的应急医院选址，市政系统成熟、交通便利、周边人口稀少是最需要考虑的三点，“传染病医院更需要关注供电保障、排水、排气安全和对周边居民的影响。”
黄锡璆表示，从外部环境到内部使用上，需要特别注意医护人员和病人活动空间、交通路线的分区分流。“按照诊断流程进行医院布置，减少交叉，将最大限度地降低感染风险。”为保证医护人员的安全，当初的小汤山医院实施严格分区，病房为污染区、医护工作区为半污染区、医护办公区为半清洁区，医护人员值班休息区域为清洁区，医护工作实行单向通过式流程。医护人员进出污染区需经过两次卫生通过，即消毒两次。这样的功能模式非常有效地将危险感染源控制在最小范围。
在这样的设计方案下，每个护理单元都是独立的标准模块，一方面有利于同时施工，各单位可以独立建好自己的模块后集中拼接，尽量减少交叉作业；另一方面也可以在发生疫情恶化或失火等紧急情况时，将该单元彻底封闭，保全医院其他单元。
“小汤山医院每一列病房的材质都是不一样的，病房数量也不一样。” 黄锡璆回忆，当时有6家施工单位同时施工，每家施工单位能够提供的建设材料都不一样，李辉补充道：“只能有什么用什么，回想起来有些不可思议，居然都拼在一起了，还比较管用。”
各项配套设施均按照传染病医院标准和要求建设；病区四周种植有花草，病房外侧还设置有病人休息活动的连廊，为病人创造适宜治疗环境。
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