根据楼主题意，解决办法如下：
首先，判断是不是对方开票开错了，因为付款金额3600元，发票价税合计3708元，多开了108元刚好是增值税额(3600x3%)，因此，首先应该与对方联系，确定这3600元是含税金额还是未税金额。
1、如果3600元是含税金额，那么对方就多开了发票，造成对方多计收入104.85元(3600一3600/1.03)，多缴纳增值税3.15元[108一(3600/1.03×3%)]，因此应将此发票退给对方重开。
2、如果3600元是未税金额，那么发票价税合计3708元是正确的，对方少收了108元，因此应补对方108元；如果收到对方开的是普票，那么还可以要求对方重开专票。
其次，由于对方原因(如对方是月销售额不足10万元免征增值税的小规模纳税人，或是对方发票数量不够等)，确定不再重开发票的处理：
1、如果3600元为含税金额，那么该发票金额为多开，分专票和普票两种处理办法：
(1)，如为专票，其进项税额108元不得抵扣(金税三期升级后可以不勾选认证)，或者认证后作进项税额转出，账务处理如下：
借：管理费用 (或原材料等) 3600
贷：库存现金 3600
或
借：管理费用 (或原材料等) 3600
借：应交税费一应交增值税(进项税额) 108
贷：应交税费一应交增值税(进项税转出) 108
贷：库存现金 3600
(2)：如为普票，按实付款3600元入账：
借：管理费用 (或原材料等) 3600
贷：库存现金 3600
2、如果3600元是未税金额，那么该发票价税合计3708元是正确的，不需要重开，只是少付款。账务处理如下：
(1)、收到发票时，分专票和普票两种情况处理：
A：收到专票时
借：管理费用 (或原材料等) 3600
借：应交税费一应交增值税(进项税额108
贷：应付账款一xxx单位 3708
B：收到普票时
借：管理费用 (或原材料等) 3708
贷：应付账款一xxx单位 3708
(2)、付款时
借：应付账款一xxx单位 3600
贷：库存现金 3600
(3)、未付款108元两年后转作收益处理：
借：应付账款一xxx单位 108
贷：营业外收入 108
付款金额和发票价税合计金额不一致，这在实际报销中是存在的，一般是付款金额比发票价税合计数要少，不能出现付款金额大于发票价税合计总额就行。
那么为什么会出现付款金额比价税合计总额少呢？
（1）根据公司政策的规定，发票价税合计金额超过了公司规定的报销标准，故只能按照标准核销报销，不能按照发票金额。比如，一个公司在北京住宿费报销是一晚上酒店500，如果员工出差住了高档酒店，一晚上600，那住宿发票开票金额是600，但报销只能是500。这样就会出现发票金额和付款金额不一致了。在这种情况下，发票是不用换票重开的，财务也是认可的，能直接报销。
（2）发票价税合计总额中包含了不能报销的部分，故实际付款时需剔除，导致付款金额少于发票价税合计总额。比如，酒店里吧台，小吃等额外花费，公司可能不给报销，那这就属于额外费用。再比如服务费，退票费等等，当公司制度明确不能报销的部分，即使取得了发票，那也是不能付款，故付款金额就少于发票价税合计总额了。这种情况下，也是正常的。
（3）商家开错票，多开了发票金额，实际付款3000，但商家开票开错了，开了3500。那根据消费流水或其它佐证，能说明确实是发票开多了。那报销肯定是按实际消费来付款，如果财务认可发票就不用换票了，不行还能退回商家那重新开具发票就行。
（4）实际消费费取得的是定额发票，一般情况下，定额发票会比实际消费金额多，实际消费一般没那么整，刚好是整数。故付款金额少于发票金额，这也是可以的，不用换票等。
所以付款金额和发票价税合计总额不一致是可以存在的，但付款金额不能比发票价税合计大。如果财务要求严格，能重新开具发票的，也是可以退回重开发票的。
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