在火影忍者正式故事展开的16年前，一只被称为九尾妖狐的尾兽袭击木叶忍者村，传说它一挥动尾巴就会山崩海啸。当时的第四代火影“木叶的黄色闪光”波风凑牺牲自己的性命，把九尾封印在刚出生的儿子漩涡鸣人身上。
第四代火影被村里的人认为是英雄，体内封印着九尾的鸣人则被视为妖狐的化身，而不是四代火影所希望的封印妖狐的幕后功臣，因此鸣人自小就被人用看着“怪物”的眼光看待。
重新复出的第三代火影已经禁止知情的村民提到这次的九尾突袭事件，但是此举仍不能阻止人们排挤鸣人。就连不知情的年轻一辈，在父母的感染下，亦疏远、歧视鸣人。因此，鸣人从小备受孤立。如同伊鲁卡老师小时候的想法：“被当成笨蛋总比被当成透明人好”，为了引起其他人注意，鸣人经常恶作剧。但这种状况在他成功通过忍者学校的毕业考试，且让伊鲁卡老师成为第一个认同他的人后逐渐改变，并以成为“火影”为目标努力，目的是要让所有人都认同他的存在。
火影忍者故事既包含严肃和娱乐的情节，整个故事以鸣人及其朋友的成长为核心，并描绘他们在人生经历当中的相互感情。主要主角包含鸣人与两位好友宇智波佐助、春野樱和他们的导师“拷贝忍者”旗木卡卡西等。
也可以说是漩涡鸣人的一部菜鸟奋斗史。
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