说起清朝军队的编制，这是一个非常头疼的问题。因为清朝军队的标准是一笔糊涂账，在清朝入关之前，清朝的军队只有自己的满洲八旗。请注意，在这一阶段，八旗基本上全民皆兵，每个旗有7500兵力，满洲八旗总计6万人。后来随着自己地盘的扩大，又出现了蒙古八旗和汉军八旗，编制和满洲八旗一样。所以说，在清朝入关之前，自己只有这不到20万的八旗兵。这些部队有各个旗主率领，还算简单明了。
但是在清朝入关之后，八旗兵的编制出现了很大的变化。八旗不再是各自为战，而是被混在了一起。原来的旗主们都成了空架子，所以的军队都必须服从朝廷的命令。这些八旗兵被划分成了野战军和内卫军。野战军包括健锐营、火器营、骁骑营等等，内卫军则分为了八旗步军营。八旗步军营总计有2万余兵力，编制与野战军不同。如果边疆发生了战争，清朝会从各个部队中抽调部队。但由于八旗兵已经逐步丧失了战斗力，清朝主要依靠绿营作战。
清朝入关之后，依靠自己那不到20万军队，肯定无法征服全国。所以说，在很大程度上必须依靠绿营。绿营就是汉军组成的部队，绿营的武器明显不如八旗兵。起初，八旗兵也根本看不起绿营。但是到了康熙在位的后期，八旗兵的战斗力已经逐步下降，清朝不得不依靠绿营兵。不如雍正时期与准噶尔部的战争，年羹尧统帅了23万大军，其中的大部分都是绿营兵。到了乾隆时期，绿营兵更成为绝对的主力，八旗子弟成了纨绔子弟的代名词。
绿营的编制与八旗完全不同，绿营部队的最高编制为镇，镇之下有标、协、营、汛、棚等等。截止清朝乾隆时期，清朝的绿营兵分为66镇，总计兵力为60多万。也就是说，一镇绿营兵在一万人左右，类似于现在的野战师。其实也不一定，比如边境地区的镇，可能有将近2万部队。江南地区的一镇绿营兵，可能只有三四千部队。到了乾隆时期，绿营兵也逐步丧失了战斗力。就在乾隆在位的末期，清朝爆发了白莲教大起义。
当时，起义军的声势浩大。无论是八旗兵还是绿营兵，都根本无力镇压。在这样的情况下，清朝开始鼓励各地的乡绅组建乡勇武装。认真的说，在镇压白莲教的过程中，乡勇发挥了重大作用。由于当时各地的乡绅都组建了乡勇，但编制和人员都不同，所以根本无法统计。有一点可以确定，当时总计组建了30多万乡勇武装。在白莲教被镇压之后，这些乡勇武装也被逐步解散。其实通过白莲教起义，就能看出清朝的正规军已经成了花架子。
几十年之后，规模更大的太平天国起义爆发。清朝军队自然是无力应付，清朝皇帝使出了当年的老办法，估计各地的官员组建团练。也就是在这一大背景之下，曾国藩的湘军脱颖而出，随后还出现了李鸿章的淮军和左宗棠的楚军。这些军队的编制都不一样，以曾国藩的湘军为例子。湘军最大的编制为营，而一个营只有500多人。在清朝的末期，为了应对危机局面，清朝还组建了北洋六镇。北洋六镇的标准很清楚，一个镇有12000多兵马。
清朝前期和中期的军队主要分为八旗兵和绿营兵两部分。1644年清八旗兵入关后，随着形势的发展，产生了绿营兵的编制。在这两支军队的配合下，清朝统治者完成了巩固政权、统一全国的任务。在使用中，清朝一贯秉承八旗兵为主，绿营兵为从的基本国策。
八旗兵主力多配置在京师及关外满洲老根据地，担任京师防卫和驻守各省要地的任务。八旗兵的最高领导机构是八旗都统衙门，它的职权不局限于军事，凡是八旗兵丁的户籍、民事都归其管理。每旗设都统一人，从一品，副都统二人，正二品，分管满、蒙、汉军二十四旗的事务。
都统、副都统以下，分别设立参领、副参领、佐领、骁骑校、印务参领、印务章京、笔帖式、外郎、缮写人等各级军事和文职长官。具体说来，满洲八旗共有以上各级长官2098员，统辖兵丁93000人；蒙古八旗有长官840员，统辖兵丁23600人；汉军八旗有长官1140人，统辖兵丁32000人。负责卫戍京师的八旗兵还有下列编制: 亲军营、骁骑营、前锋营、护军营、圆明园护军营、步兵营、火器营、健锐营、神机营等，总兵力达112000人之多。
绿营兵产生于顺治年间，八旗兵入关后，兵力不足，于是招降明军，改编为绿营，因为以绿色旗帜为营标，故称绿营兵。绿营兵在极盛时期，兵力总数多达60余万，从平定三藩到中英鸦片战争，为清朝的主力部队，对清王朝的稳定统一发挥过很大作用。
绿营兵由地方督抚统率，绿营的最高武职长官为提督，战略单位为总兵统辖的镇，基本编制单位为参将、游击、都司、守备直接统带的营。清朝统治者将全国划分为11个军事区，区的最高长官为总督；不设总督的区，则以兼领提督的巡抚为最高长官。总督和巡抚下辖提督，提督以下有总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等各级军官。
以乾隆二十八年（1763年）为例，全国共有总督8人（从一品）、不设总督地区巡抚3人（正二品）；提督（武职从一品）衙门18个、总兵（武职正二品）衙门83个、副将（武职从二品）衙门137个、参将（正三品）177人、游击（从三品）370人、都司（正四品）494人、守备（正五品）887人、千总（正六品）1867人、把总（正七品）4915人。以上各级武职军官共统率绿营兵648345人。
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