简单说就是理科与工科的区别，即自然科学和工程技术。
自然科学领域与工程技术领域
中国科学院（Chinese Academy of Sciences）是自然科学研究的最高学术机构。
中国工程院（Chinese Academy of Engineering）是工程技术研究的最高学术机构。
从字面来看，就是自然科学（science）与工程技术(engineering)的区别。
或许有人不理解二者的区别，简单来说自然科学是描述自然现象规律的本质、机制、机理等科学理论，工程技术则是将科学理论在生活中实现应用。
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例如，爱因斯坦提出相对论属于自然科学研究，解释清楚原子之间相互作用力如何计算，在这一理论指导下，工程师们发明出了威力恐怖的原子弹。所以，中科院就是搞类似于相对论这样的理论科学研究，而中国工程院就是搞原子弹如何发明的这类工程应用技术研究。
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成立时间不同
从成立时间来看，中科院成立在前，中国工程院成立在后。
1949年9月27日，中国科学院成立，郭沫若为第一任中科院院长。
中国工程院的成立与中国科学院有密切联系。
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早在1955年，中国科学院技术科学部成立，并于1981年讨论成立“中国工程与技术科学院”，随后，科学家们在《光明日报》上刊登了一篇题为《实现四化必须发展工程科学技术》的文章，讨论成立工程科学技术对我国的重要性，这是为成立工程院作前期舆论准备。
1994年6月3日，中国工程院成立。
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两院院士
中科院与中国工程院均设立院士制度，均为每两年增选一次。院士选举第一条就是要求分别在科学技术领域或工程科学技术领域作出重大的、创造性的成就和贡献。全国先后有1300余位科学家当选为中国科学院院士，1000多人当选中国工程院院士，他们是新中国科技工作者的杰出代表。
一个人能同时当选两院院士吗？
可以，例如钱学森就是两院院士。只要符合院士评审条件即可参评。
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中国工程院和中国工程院并称“两院”。中国工程院是我国工程科学技术界的最高荣誉性、咨询性学术机构，它是从中国科学院技术科学部分出。中国科学院是我国科学技术方面的最高学术机构，也是全国自然科学与高新技术综合研究发展中心。两者都是国务院正部级直属事业单位。
中国工程院设立于1994年，是我国科学技术部支持的咨询性学术机构。工程院主要任务是对国家重要工程科学技术问题进行战略性研究，并提供决策咨询，主要致力于促进中国工程科学技术事业的发展。工程院和科学院不同的是，其不下辖实体科研机构。目前中国工程院设有9个学部，包括机械与运载工程学部、信息与电子工程学部、化工、冶金与材料工程学部、能源与矿业工程学部、土木、水利与建筑工程学部、环境与轻纺工程学部、农业学部、医药卫生学部和工程管理学部等。工程院目前拥有857名院士，院长是李晓红院士。
中国科学院则成立于1949年11月。1977年5月，哲学社会科学学部独立为中国社会科学院。中科院下辖6个学部，包括数学物理学部、化学部、生命科学和医学学部、地学部、信息技术科学部、技术科学部。中科院下设12个分院、84个研究院所、2所大学、2所学院、4个文献情报中心、3个技术支撑机构和2个新闻出版单位。
中科院还拥有4个国家实验室、85个国家重点实验室和153个中国科学院重点实验室。中科院首任院长是郭沫若,目前院长是白春礼。
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