根据使用环境状况，最好1-2个月清洗一次为好专家也介绍了一个日常简易处理法：首先，放空饮水机内的水，把水桶取下来，打开存水的水槽。然后准备一个柠檬，把柠檬一分为二，挤出柠檬水并加水，按照 1∶10的比例调匀，倒入水槽内，浸泡半小时。以前用户清洗都喜欢用消毒液，清洗后饮水时会闻到消毒液的味道。而用柠檬清洗，一方面柠檬的酸度能起到消毒的作用，另一方面，会残留柠檬的清香。此外，在家中无人或者晚上休息时，务必将饮水机电源开关关掉；桶装水用完时，应马上换新水，否则长时间干烧可能引发火灾。
为什么要定期清理饮水机？这要从饮水机致菌的五大原因说起：
1、 饮水机工作原理造：
饮水机是利用空气压力的原理进行工作的，由于采取空气压力原理的循环系统设计，饮水机都不同程度地使用胶管、塑料管等化学成份的物质，加上空气质素越来越差，空气酸碱系数增大，对管状物的氧化腐蚀严重，造成胶管、塑料管的糜化，产生白色成片状物，二次污染桶装水。
2、 换水过程中造成：
绝大多数饮水机的结构一般是由桶装水的桶颈倒过来放在饮水机的座上，在桶装水装上饮水机以后，每放出一升，必定有相应的一升体积的空气夹带的灰尘、大肠杆菌，葡萄球菌，霉菌等多种细菌也随之附着在饮水机内部，此后细菌会在饮水机内不断繁殖，呈淡黄色，黏滑感。时间一长就可达到危害人体健康的程度。
3、 饮水机内部结构造成：
桶装水里的水通过饮水机软管流入两个水胆内，一个是热水胆，一个是冷水胆，这两个水胆除了将冷热水分区之外，还起到沉淀水中杂质的作用，问题就出在水机座以及冷热水胆内的三个部分。人们通常在桶装水喝完之后，只重新换上一桶水就了事，却忽视了在换水过程中，饮水机内胆还会一直存有近1000毫升的水，一桶水喝的时间越长，空气所夹带的细菌繁殖的数字就越惊人。停用一段时间或高温高湿条件下的饮水机，造成的二次污染更大。
有些饮水机内部很容易产生积水，如此阴暗潮湿的环境，非常适合微生物生长。“霉菌适宜在25至32摄氏度中生长，其他微生物适宜在35至37摄氏度的环境下繁殖，这与室内温度刚好吻合。纯净水流经带有这些霉菌、病菌的进水口，也会受污染。细菌不断地繁殖，从而引发消化、泌尿系统等50多种疾病，
4、 加热过程中造成：
由于桶装水（特别是矿泉水），水中有矿物成分，在经过长时间的加热升温，容易产生水垢，附在储水斗或热胆内，长时间累积会形成一层层黄色物质，二次污染桶装水。
5、 储存、运输过程中造成：
另一个不可忽视的污染源却来自桶装水的桶颈部分，桶装水是经过严格消毒杀菌的干净水，但是由于在储存、运输或开封后会接触到细菌，（特别开封后长时间装在饮水机上饮用的桶装水）（一般一桶水一周左右饮完最为适合），细菌会在饮水机内部繁殖，造成桶装水的二次污染。 因为桶颈部分这是与饮水机“聪明座”最紧密接触的地方。一些厂家对瓶颈部分不严格消毒，密封性能不够，甚至使用劣质瓶盖，工人在运输过程中，一提瓶颈，瓶盖会脱开，使饮水水遭到二次污染。
随着人们生活质量的提高，对饮用水的要求也随之提高，所以越来越多的家庭开始选用饮水机。但是如果饮水机的卫生不能保证，饮水机将成为细菌大量繁殖的温床。
专家指出，饮水机是利用空气压力的原理工作的，在取水的同时，等量的空气就进入了饮水机的内部。即使是清洁的空气中也有4000个/平方米左右的细菌。而室内空气由于流通性不好，更带有大量的一氧化碳、浮尘和其他污染物。这样的空气进入到饮水机中，经过一段时间的积累繁殖，细菌将达到一个惊人的数目，严重地危害人体的健康。造成二次污染!一旦饮水机受到了污染，纯净水再纯净也是没有用的。
只有养成定期清洗饮水机的习惯才能保证饮用卫生安全。饮水机的消毒在夏天一般为每个月1—2次，在冬季则为每月一次即可。
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