段智兴为能和中原武林联合起来，一起抵抗外族入侵，不惜自贬身份，屈尊降纡参加中原举办的华山论剑。
段智兴自幼长于灵鹫宫，偶遇刘瑛，互生情愫，期间数次被周伯通与王重阳所救。其父死后，登基大宝，与洪七公惺惺相惜，寻找武穆遗书，多次粉碎了完颜洪烈的阴谋，最终华山论剑，被授予“南帝”的称号。
却说，段誉登基后虽勤于政事，爱民用贤，却始终被当地先民、朝中重臣高氏家族所架空，面对高氏家族势力控制的诸子内争外叛，又加之灾难频发，心力交碎之下，终于在位三十年后，禅位于自己与晓蕾之子段义长，出家为僧。
段誉避位为僧后，晓蕾与梅兰竹菊四姊妹在大理已再无留恋之事，于是结伴重回天山灵鹫宫。
段义长初登帝位，信心满满，决定励精图治，思揽政权，奈何还是敌不过高家弄权。心生烦闷之际，偶然识得了汉家平民女子玉兰，随即两人情愫暗生。
当玉兰珠胎暗结后，段义长欲要将其迎娶至大理王宫。岂料，高氏重臣兵马大元帅高文义，欲谋取大理皇位，百般阻拦，迫使段义长拜高家之女为皇后。
段义长唯恐高文义得知玉兰怀有身孕，大理皇位后继有人而暗加迫害，于是悄悄将玉兰送至天山灵鹫宫。不久，玉兰便产下段智兴。
晓蕾见皇孙出世，自是欣喜万分，疼爱之情，溢于言表，溺爱之心更是远超玉兰，待到段智兴刚能识文断字，便将大理段氏绝学一阳指的秘籍交付于他。
段智兴自幼便生的俊目皂白分明，鼻如玉柱，口似丹朱，大耳朝怀，亦不乏皇室宫廷的雍容华贵，更令人称奇的是段智兴天资出众还是习武奇才，小小年纪便将一阳指练到二品境界。
数年后，晓蕾去世。玉兰觉得弱冠之年的段智兴久居这极西之处的天山缥缈峰并无前途，于是告知其身世，并拿出信物，让他重回大理，父子团聚。
段智兴一路向东，转而南下。渡江之时，偶遇船女刘瑛，遇到大雨倾盆，狂风巨浪，两人落入江中，段智兴冒险相救，在江边岩洞避难之时，两人互倾情愫。
刘瑛之父本为江南名震一时的铸剑师，由于声名在外，不愿为金国武士铸剑，引来杀身之祸，妻儿惨死，随后与女儿隐居于此。由于妻儿惨死，刘父特别厌恶习武之人，今见刘瑛与段智兴卿卿我我，遂反对两人交往。
段智兴别无他法，只得依依不舍告别刘瑛，独自前往大理。段智兴来到大理皇宫，拿出信物，欲求见段义长，岂料被高文义截获。
此时的高文义权倾朝野。因段义长后继无人,高文义早有谋取大理皇位之心，暗地里更是向金人献媚，寻求金国的支持，欲将大理变为金国藩属。
今见段智兴手持信物皇宫求见段义长，高文义察觉出端倪，怀疑段智兴为段义长之子，于是不仅阻拦二人父子见面，更派人暗中刺杀段智兴。
就在段智兴被杀手围困，身陷险境之际，被因相思入骨而跟随其来到大理的刘瑛所救，二人感情日渐深厚。
高文义见刺杀失败，于是率领投靠其麾下的铁掌帮赶赴到灵鹫宫，毁宫灭口。玉兰在梅兰竹菊四姊妹的拼死保护下，才逃出生天。
段智兴听闻灵鹫宫被毁，和刘瑛着急赶回，见尸横遍野，母亲与梅兰竹菊四姊妹不知所踪，偶然发现遗落在地的段氏令牌，认定此事必和大理段家有着莫大的关系，于是两人又马不停蹄的赶回大理。
当段义长率领群臣在天龙寺祭祖之时，段智兴与刘瑛突然现身，并责问段义长灵鹫宫到底是被谁所灭？段义长自是一头雾水，不知所以。
就在这时，玉兰在梅兰竹菊四姊妹陪同之下突然出现，并将段义长与段智兴本为父子关系一事公之于众。高文义见奸计败露，乘机发难，挟持了玉兰，欲与其命逼迫段义长交出皇位。
天龙寺内一时大乱。混乱之中，玉兰为段义长身挡暗器，而死在他的怀中，刘瑛也身负重伤，高文义则趁乱逃脱。
段智兴准备带刘瑛上终南山向全真教王重阳求医，事也凑巧，半路之上碰到了王重阳的师弟周伯通，周伯通轻松便将刘瑛之伤治愈。
无意间，周伯通发现刘瑛竟能控蛇于股掌之中，而其又生平最惧怕蛇，由此对刘瑛佩服的五体投地，更觉其可亲可爱，我见犹怜。然而周伯通不通世务，行为举止犹如孩童，对男女情爱之事更是一窍不通，只觉得与刘瑛在一起，无拘无束，快乐无比。
段义长希望能与段智兴恢复父子关系，可惜段智兴对段义长二十年来对母子二人置之不理、玉兰惨遭横死而耿耿于怀，含恨于心，一口拒绝。
随后，段智兴与刘瑛隐居于山野，苦心修炼一阳指，希望能将一阳指练到四品境界，进而修炼大理段氏最高武学“六脉神剑”，然后向高文义报仇。
玉兰的去世、段智兴的离去令段义长郁郁寡欢，高文义见其此时势孤力弱、萎靡不振，趁机与铁掌帮帮主裘千仞勾结制服了段义长，逼其交出皇位。岂料被练成降龙十八掌、来大理寻找丢失打狗棒的洪七赶至，替段义长解了围。
原来，丐帮净衣派程铁山欲勾结金人，被帮主钱鹤声发觉，不想程铁山先下手为强，打伤钱鹤声，夺走打狗棒。钱鹤声临终之时，将降龙十八掌与帮主之位传于洪七后溘然长逝。
怎奈洪七手中没有掌门信物打狗棒，人轻言微,不能服众。反观程铁山手持打狗棒，带领丐帮，亲近金人，众人敢怒不敢言。
段义长希望洪七能找回段智兴，继承王位，一同抗击金人，洪七自是答应。
可惜，当洪七刚找到段智兴便被尾随其后的裘千仞猛然杀出，打伤了段智兴。洪七及刘瑛见段智兴性命危在旦夕，于是三人同回大理，求救于段义长。
段义长不惜舍弃功力以“一阳指”为段智兴疗伤，痊愈后段智兴大为感动，父子关系缓和，并回归段姓，跟随段义长学习大理段氏的更多绝世武学。
岂料，高文义趁段义长元气大伤，再施毒手，至其身负重伤。段义长临终之时将皇位传于段智兴，之后含笑而逝，而高文义在大理已再无容身之地，北上投靠金人而去。
段智兴初登帝位，金人便以重金拢络，段智兴断然拒绝，朝中文武大臣纷纷称赞。
程铁山在太湖君山召开丐帮大会，宣布与金人联盟，在帮众的大力反对声中，洪七突然现身，将程铁山弑杀帮主、投敌卖国的阴谋和盘托出，双方大打出手，洪七凭降龙十八掌大胜，荣登帮主之位。
高文义贼心不死，投靠金国六王爷完颜洪烈，并告知其中原有本记载岳飞兵法的“武穆遗书”，得之，对金国入侵大宋大有帮助。完颜洪烈令其去中原打探，不想高文义刚踏入中原，便被周伯通擒获，并押至大理，段智兴当众将其处死，终于为母亲报了大仇。
丐帮四大长老之一的鲁有脚无意中发现亡父竟然是岳飞部署，决心继承其父遗志，助洪七抵抗金人，于是将偶然得来的寻“武穆遗书”之法告知洪七，可惜洪七不能参透其意，只得与段智兴商议，段智兴自然是义不容辞，允诺帮其参透其中之意。
完颜洪烈误以为段智兴已经得到武穆遗书，趁其外出之际，与裘千仞掳走了刘瑛，威胁段智兴交出武穆遗书，段智兴无法只得只身会见完颜洪烈。
岂料刘瑛欲与完颜洪烈同归于尽，以致自己身受重伤，昏迷不醒，待段智兴将其救醒，发现刘瑛已失去记忆，段智兴伤心内疚不已。
段智兴想尽各种方法，欲令刘瑛恢复记忆，却徒劳无益。段智兴决定重新培养刘瑛对自己的倾慕之情，于是二人重回江边岩洞居住。完颜洪烈则趁大理群臣无首之际，大举攻入大理皇宫，亏得洪七率领丐帮之众与大理群臣奋力抵抗，才将完颜洪烈打败。
完颜洪烈心有不甘，决心效仿靖康“擒二帝，控大宋”之法，擒获段智兴，让大理接受城下之盟，遂命裘千仞前去擒拿段智兴。
段智兴遭遇到裘千仞的伏击而身受重伤，落入江中。就在此时，刘瑛记忆恢复纵身跃入水中，将段智兴救到对岸，并扶其上终南山重阳宫找到王重阳救治。
段智兴与刘瑛终成连理，大婚之日，周伯通感慨万千，向二人道贺之后，黯然离去。
段智兴终于找到武穆遗书，并且以书中兵法训练士兵。洪七得知后，怒火中烧，认为武穆遗书乃大宋之物，应当归还大宋，于是前去大理向段智兴讨要武穆遗书。
段智兴深知，大宋与金国早已暗中结盟，大宋得到遗书后，必会落到金人手里，如同将大宋江山拱手送予金人，于是拒绝了洪七。
洪七遂以天下一家，大宋与大理唇齿相依，覆巢之下，岂有完卵之理，劝说段智兴。洪七的晓以大义，终于说服了段智兴以国家为重，二人决心联手，粉碎金国攻宋之阴谋。
这时的江湖武林，包括全真教、丐帮、铁掌帮在内的大大小小的帮派有数百之多，群雄争霸，龙蛇混杂，武林秩序一片混乱，这才得以让金国有了蚍蜉撼树，螳臂当车的错觉和胆量来攻打大宋。
为了缔造一个有秩序的武林体系，昭示各自帮派及各方势力的不同方位，划分自己在武林中的势力范围，自行其是，各自为阵，抗击外敌入侵，于是全真教武功造诣深不可测、已达神入化的地步的王重阳，凭借自己在江湖上的声望，以大家趋之如骛的武学秘籍九阴真经为奖品，举办华山论剑。
大理本在西南，离中原较远，但经过段智兴这几次与奸臣乱党的斗争，已深得民心，尤其是商贸往来已和中原形成一体，形成了一荣俱荣，一损俱损的局面，只有和中原武林联合起来，才能继续抵抗外族侵略。
于是段智兴不惜自贬身份，以皇帝之尊屈尊降纡参加了由中原武林举办的华山论剑，并凭段家绝世武学获得了南帝的称号。
大理国位于中国西南边陲，因为隔着古代的印度比较近，所以信佛的人是比较多的。而南帝段智兴，虽然贵为大理国皇帝，但信仰是无法改变的。而且这国家也没有什么威胁，地处偏远的地方。最苦恼的就是内乱。
而南帝参加华山论剑并不是偶然，本身他也喜好武功，还因为这个喜好，引起了红杏出墙。一个信佛之人，后宫出了乱子，再加上曾经看过以前帝王之家的你争我夺。
参加华山论剑的其余几位，都是来自东西南北不同流派，不同信仰，不同宗教的一些人。身份也各不相同。而且都是出类拔萃的人物。在南帝
看来，皇帝只不过是个虚名而已，他活的更像是为自己活着，为自己的信仰而活着。而皇帝只不过是身上的一个包袱而已，到了他以后的经历可以看出来，卸掉这个包袱，成为一灯大师，活出真正的他自己！
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