由于南瓜存放时间过久，进而导致细菌等微生物入侵南瓜，在南瓜中大量的繁殖，这些微生物会以南瓜的营养作为养分大量的繁殖，而且由于细菌的代谢作用，会产生大量的代谢产物，这些代谢产物就可能是苦味的，而且大部分都是有毒的。当人吃了这种南瓜之后，不仅会有大量的有害微生物进入体内，更有大量的要害代谢产物进入体内，微生物会破坏肠道微生态平衡，代谢产物会使人中毒，出现腹胀、腹痛、消化不良，腹泻等不适症状，对健康非常不利。
南瓜虽然是植物，但是也有知我保护意识的，南瓜如果在生长的过程中被人移动过，南瓜为了保护自身，就会在生长的过程中产生大量的苦味素，因此在吃南瓜的时候会感觉都苦味，这种物质虽然对人体没有多大的危害，但是这种南瓜由于异常生长，导致其其他营养成分会出现问题，营养价值也会极大的降低，这样的南瓜吃了也没有多大的好处，而且还很难吃，所以对于这样的南瓜最好也不要再吃了。
如果南瓜的生长环境受到某些化学物质的污染，也可能会导致南瓜出现异常味道，苦味就是非常常见的一种，而且受到化学污染的南瓜可能还会有异常的气味。如果食用了这样的南瓜，就会导致有害的化学物质进入体内，从而对人体造成非常严重的伤害，而且还可能会有大量的有害物质残留在体内，造成持续性的伤害，可谓是危害极大，对于这样的南瓜最好直接丢掉。
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