蝙蝠克星有蛇类，蜥蜴等；树栖型（一些果蝠）的天敌还有一些猛禽和猫科动物。蝙蝠还有的天敌就是人类，如关岛大蝙蝠就是因为当地人的捕食而灭绝的 其实还是人类啊...人类是所有生物的克星 怕火和灯光的照射。因为蝙蝠的视力不是很好,很弱,所以强烈的灯光刺激会使它承受不住。
穴居蝙蝠的主要天敌主要有蛇类，蜥蜴等；树栖型（一些果蝠）的天敌还有一些猛禽和猫科动物。蝙蝠还有的天敌就是人类，如关岛大蝙蝠就是因为当地人的捕食而灭绝的。
人为直接干扰因素。蝙蝠常栖息在洞穴、废矿井和树洞中,也可在房檐下、旧式教堂的尖阁和钟楼里。开矿 、封闭旧矿井或往里倒垃圾、城市建设以及不适当的林地清理工作(砍伐蝙蝠用作栖处的死树)，都会导致蝙蝠无栖身之处，引起大量死亡。
同样，惊醒正在冬眠的蝙蝠会使它们过早耗尽脂肪，没有等到春天到来便因饥饿而死去，这对蝙蝠种群数量的维持及增长是一个极大的危胁。耐久杀虫剂的使用也是对它们的一大威胁，蝙蝠体内。
积累的毒素会影响幼体神经系统的发育，大规模的幼体死亡会对种群产生严重影响，十余年后受害种群仍难以恢复。
不正当捕杀。在热带地区，如关岛，大蝙蝠不仅供当地人食用，还出口到太平洋其他的岛屿。岛上的蝙蝠，尤其是那些独特的地域种和分布狭窄的种类受到很大威胁。
蓄意地杀害也是一个问题，迷信使人们杀死蝙蝠，从而使蝙蝠的数量减少。人们对吸血蝙蝠以及确认的对作物有害的蝙蝠的控制，不仅杀害了引起问题的蝙蝠，而且杀害了与它们共享栖息地的其他蝙蝠种类。
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